CMDSCMDSPACE·구요한
KIRD 신진연구원 과정
옵시디언과 LLM Wiki로 만드는 연구 지식 베이스

AI를 잘 쓰는 연구자가 아니라,
AI가 일할 수 있는 지식 구조.

쓰는 방식이 축적되느냐, 매번 증발하느냐가 갈림길입니다.
연구자의 지식 시스템(볼트 · LLM Wiki · 하네스) 위에 AI Agent를 올리는 법을 다룹니다.

cmdspace.work 국가과학기술인력개발원(KIRD) · 2026.09.02(수) 15:30–17:30 · 청주
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00 / OPENING
WHO · 구요한 · YOHAN KOO

연구하면서 가르치는 실천가.

오늘 보여드리는 것은 이론이 아니라, 3년 · 10,000개 노트로 직접 운영해 온 실물입니다.

교육 · 연구
KIRD 객원교수
차의과학대 겸임교수 · 대학과 연구 현장에서 AI × 지식관리 교육.
기업 교육
LG 회장단·임원 교육
각사 CEO·본부장 1on1 AI 코칭 — 의사결정권자의 지식 운영체제 설계.
실천
10,000+ 노트 볼트
더배러 뉴스레터 · 옵시디언 × 생성형 AI 지식관리 시스템 운영.
KIRD 신진연구원 과정 · 구요한02
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00 / OPENING
출연연의 현재 · NST 정책연구 (헬로디디 2026-07 보도 · 단일 조사)

93%가 쓰는데,
영수증을 풀칠하고 있다.

93%
이미 연구에 활용 중 (출연연 종사자 242명 설문)
5%
조만간 활용 계획
2.1%
이용하지 않음

현장은 — AI 구독료 영수증 증빙이 매월 반복, 대부분 기관에 생성형 AI 보안규정 부재로 책임은 연구자 개인에게 전가, 일부 기관은 아예 차단.

문제는 "쓸 것이냐"가 아니라 "쓰는 방식이 축적되느냐, 증발하느냐"03
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00 / OPENING
2026 정부출연연구기관 업무보고
"모든 연구기관이 AI 전환을 하려면 AI가 잘 읽을 수 있는 형태의 데이터를 체계적으로 모아야 하는데 한계가 있다"
배경훈 부총리 겸 과기정통부 장관 · 출연연 업무보고

오늘 두 시간은 이 문장에 대한 개인 수준의 실행 답안입니다. 조직의 데이터 체계는 기다려야 하지만, 내 연구 지식의 구조는 오늘 밤부터 바꿀 수 있습니다.

출처: 헬로디디 · 2026 출연연 업무보고 보도04
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00 / OPENING
국가가 이미 움직이고 있다

주무 부처가 트랙을 열었고,
공모 마감은 닷새 뒤입니다.

과기정통부 · Co-Scientist Challenge
트랙 2개
① AI 기반 연구보고서 작성 ② 과학기술 AI 에이전트 개발 — 주무 부처의 공식 트랙 이름
NST · 국가과학AI연구센터 (NAIS)
해커톤 마감 D-5
〈2026 NAIS AI 해커톤〉 연구개발 특화 AI Agent — 9/7(일) 17시 마감 · 본선 9/30~10/1 (AI4Sci Korea 2026) · 누구나 최대 5인 팀

NAIS는 출연연 전용 온프레미스 AI 환경과 연구용 샌드박스를 준비 중이고, 'AI 과학자 플랫폼' 베타는 연내 예정입니다. "보안 때문에 못 쓴다"를 국가가 풀겠다고 나선 겁니다 — 다만 그 사이 넉 달을 어떻게 쓰실 겁니까?

출처: co-scientist.kr · nst.re.kr · ai4scikorea.org05
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00 / OPENING
Nature 독자 폴 (2026-06 · n=1,907 · 확률 표본 아님)

쓰지만, 좋아하지 않는다.

66%
월 1회 이상 AI 사용 (매일 25 · 주 26 · 월 15)
48%
AI에 부정적 감정 (긍정 30%)
63%
"LLM 데이터·문헌 분석은 위험이 이익보다 크다"

이 불편함은 비합리가 아니라 정확한 감각입니다. 오늘은 그 불편함이 어디서 오는지 짚고, 구조로 푸는 이야기를 합니다.

출처: Nature, "Scientists have a bad case of AI FOMO" (2026-06)06
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01 / 왜 불편한가
같은 질문, 상반된 두 연구

AI는 연구를 빠르게 하는가.

설계관측 연구 (arXiv 2412.07727 · v3)무작위 대조시험 (METR)
표본자연과학 논문 4,130만 편 관측n=16 · 실제 이슈 246건
결과논문 3.02배 · 인용 4.84배 · 팀리더 1.37년 단축완료 시간 19% 증가 (느려짐)
강점 / 약점규모 / 선택 편향인과 식별 / 소표본 · 코딩 한정

두 결과가 동시에 참일 수 있다는 것 — 여기서 오늘 이야기가 시작됩니다.

출처: arXiv 2412.07727 (v3) · arXiv 2507.09089 (METR)07
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01 / 왜 불편한가
METR의 백미 · 인식 격차

빨라졌다고 느꼈지만,
실제로는 느려졌다.

−24%
사전 예측 — "이만큼 단축될 것"
−20%
사후 추정 — "이만큼 단축됐다"
+19%
실측 — 완료 시간 증가

후속 측정은 METR 스스로 선택 편향으로 해석 불가 판정. 측정조차 어려워졌다 — 그래서 감각이 아니라 구조로 접근해야 합니다.

출처: METR (arXiv 2507.09089 · 2026-02 설계변경 공지)08
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01 / 왜 불편한가
연구자의 진짜 병목

병목은 생성이 아니라 검증이다.

11~57% 상용 배포 모델의 인용 조작률 14~95% GhostCite 벤치마크 (13개 LLM · 인용 37.5만 건) 최악 확장 추론에도 인용 정확도는 과제군 중 최하위

환각률 자체는 개선 추세입니다. 그러나 인용은 다릅니다 — 초안이 아무리 빨라져도 인용을 못 믿으면 검증 비용이 생성 이득을 잡아먹습니다.

출처: GhostCite (arXiv 2602.06718) 외 · 프리프린트 중심 — 수치는 범위로만09
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01 / 왜 불편한가
연구자에게 익숙한 질문

"무엇을 측정하지 않고 있는가."

기존 벤치마크가 재는 것
Support
인용이 주장을 뒷받침하는가는 잰다.
재지 않는 것
Existence
인용이 실재하는가는 재지 않는다 — 그래서 신뢰도를 체계적으로 과대평가.

실무 원칙은 하나 — 인용을 생성하는 도구가 아니라 검색해서 가져오는 도구를 쓸 것. 이것이 오늘의 설계 목표, 검증 가능한 구조입니다.

AI는 소스를 찾는 데 쓰되, 소스 자체로 쓰지 말 것10
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PART 1 / 연구자의 AI 업무환경
PART 01 · 연구 지식 베이스의 뼈대

프롬프트가 아니라
구조가 차이를 만든다.

v1 프롬프트 → v2 컨텍스트 → v3 하네스. 3년간 무엇이 바뀌었는가.

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PART 1 / 연구자의 AI 업무환경
3세대 진화

입력은 짧아지고, 답은 깊어진다.

v1 · Prompt (2022–23)
"무엇을" 묻느냐
"논문 요약해줘" — 누가 물어도 같은 답.
v2 · Context (2024)
"어떤 상황에서"
역할·배경 패키징 — 좋지만 매번 처음부터.
v3 · Harness (2025–)
"어떤 환경에서"
지식·도구·권한·룰을 한 번 설계 → 한 줄로 내 맞춤 답.

v1→v3에서 사용자 입력은 다시 짧아집니다. 그런데 출력은 더 풍부하고, 재현 가능하고, 축적됩니다. 차이를 만드는 건 프롬프트가 아니라 하네스.

KIRD 신진연구원 과정 · 구요한12
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PART 1 / 연구자의 AI 업무환경
권위 보강 · Anthropic
컨텍스트 엔지니어링 = "원하는 결과를 낼 확률을 극대화하는 고신호(high-signal) 토큰의 최소 집합을 찾는 것"
Anthropic · 하네스 = 컨트롤 플레인 · "두뇌와 손의 분리"

제가 '하네스'라 부르는 걸 Anthropic은 '컨트롤 플레인'이라 부릅니다. 이름만 다를 뿐 업계가 같은 곳을 가리킵니다. 그리고 Claude Code SDK가 Agent SDK로 개명됐습니다 — 코딩에서 검증된 하네스가 연구로 일반화되는 중.

출처: Anthropic — Effective context engineering for AI agents13
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PART 1 / 연구자의 AI 업무환경
연구자의 하네스 = 이미 여러분 손에 있다

지식의 IDE, 공유 언어, 엔진.

Obsidian
지식의 IDE — 마크다운 볼트 · 연구노트 · 개념 위키를 한 화면에서
Markdown
인간과 AI의 공유 언어 — 모든 주요 LLM이 마크다운으로 학습됨
AI
그 위에서 도는 엔진 — 모델은 갈아끼워도 지식 구조는 남는다

코딩 에이전트의 하네스가 도구·권한·지식베이스·룰이라면, 연구자의 하네스는 볼트 + 레퍼런스 매니저 + 연구노트 + 개념 위키 + 시스템 파일입니다.

KIRD 신진연구원 과정 · 구요한14
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PART 1 / 연구자의 AI 업무환경
왜 마크다운인가

포맷은 사고를 강제한다.

포맷강제하는 사고
PPT슬라이드 단위 사고 — 닫힌 포맷, AI에게도 닫힌 지식
비교 사고
Markdown구조화 + 연결 사고 — 에이전트가 파싱 레이어 없이 그냥 읽는다
YAML필드 수준 의미 선언 — 기계가 읽는 메타데이터

kepano의 "file over app" — 논문을 쓰기 전에, 어떤 포맷으로 지식을 쌓을지를 먼저 결정해야 합니다.

McLuhan "미디어가 메시지다"의 AI 시대 확장15
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▶ LIVE DEMO
같은 질문, 세 개의 답 + 그래프뷰

"내 연구 분야 최근 동향 정리하고
우리 과제와의 접점 찾아줘."

v1
일반론
교과서·위키 수준. 누가 물어도 같은 답.
v2
내 분야 특이적
좋아졌지만 이번 한 번만 — 매번 손으로 재입력.
v3
한 줄 + 축적
볼트의 연구노트·레퍼런스·위키가 하네스 — 내 선행연구가 반영된 답, 재현 가능.
마무리: 10,000+ 노트 그래프뷰 — "정리한 게 아니라 연결된 겁니다"⚠ v3 선발사 · 실패 시 캡처 백업
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BREAK
INTERMISSION

휴식, 15분.

2부는 오늘의 본론 — LLM Wiki, 지식이 복리로 쌓이는 구조입니다.

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PART 2 / LLM Wiki · 연구 자동화
PART 02 · LLM Wiki

지식이 복리로 쌓이는 구조.

볼트가 일하는 공간이라면, 위키는 지식이 축적되는 코드베이스입니다.

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PART 2 / LLM Wiki
LLM Wiki 패턴 · 2026
"Obsidian is the IDE,
the LLM is the programmer,
the wiki is the codebase."
Andrej Karpathy · LLM Wiki (2026)

에이전트가 불변 원문(raw sources)을 지속·상호링크된 마크다운 위키로 컴파일합니다. 읽을 때마다 새로 요약하는 게 아니라 기존 페이지를 갱신 — 그래서 복리.

출처: Karpathy · LLM Wiki (GitHub gist)19
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PART 2 / LLM Wiki
아키텍처 대비

검색은 휘발되고, 위키는 쌓인다.

전통 RAG
영구 기억상실
매 쿼리마다 chunk를 재검색하고 결과는 폐기. perpetually amnesiac
LLM Wiki
복리 축적
한 번 합성한 결과가 페이지로 남고, 다음 질문은 그 페이지 위에서 시작. knowledge compounds

어제의 답이 오늘의 출발점이 되는 구조 — 연구 지식에 필요한 건 이것입니다.

KIRD 신진연구원 과정 · 구요한20
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PART 2 / LLM Wiki
LLM Wiki의 3층 구조

원문과 해석을 분리한다.

Schema
CLAUDE.md · AGENTS.md — 해석의 질서를 선언하는 시스템 파일
Wiki
LLM이 관리하는 상호링크 마크다운 페이지 — 갱신되고 복리로 쌓임
Raw Sources
논문·기사·전사 원문 — 불변 보존, 위키가 여기를 인용

연구자에게 익숙한 감각입니다 — 사료와 논문을 분리하는 것. 원문은 건드리지 않고, 해석만 계속 갱신합니다.

KIRD 신진연구원 과정 · 구요한21
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PART 2 / LLM Wiki
인용 조작 문제의 구조적 해법

내가 넣은 것 안에서만
말하게 하라.

도구가 검색한 코퍼스
조작 위험
ChatGPT·Gemini Deep Research — 인용 조작 위험(§검증 병목)을 안고 감 · 매번 휘발
내가 큐레이션한 코퍼스
내가 넣은 것만
NotebookLM · 내 볼트 · LLM Wiki — 준 소스에만 근거 · 복리로 축적

AI가 인용을 만들어내지 못하게 하는 가장 확실한 방법 — 내가 넣은 것 안에서만 말하게 하는 것. 검증 병목과 LLM Wiki가 한 줄로 연결됩니다.

NotebookLM은 학술 DB에 독립 접근하지 않고 사용자가 준 소스에만 근거22
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PART 2 / LLM Wiki
본인 논지 · 정직한 예방주사와 함께

위키보다 먼저 필요한 것은
스키마다.

문서를 쌓기 전에 해석의 질서를 설계하세요. 파일이 약 200개를 넘고 에이전트가 전체 그래프를 담지 못하면 패턴이 무너집니다 — 그때 필요한 게 경량 인덱스와 스키마.

Forte의 경고 — "노트가 엉망이면 AI가 구원하지 않는다." AI는 PKM을 대체하지 않고 leverage를 바꿉니다. 잘 쓰면 구조화된 memory로, 못 쓰면 문서를 high-speed drift로.

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PART 2 / MCP
MCP · 표준이 된 연결 계층

벤더 락인이 아니라, 벤더 탈락인.

1
2024.11
Anthropic 공개
Model Context Protocol 발표
2
2025.03
OpenAI 채택
경쟁사가 4개월 만에 공식 채택
3
2025.12
Linux Foundation
Agentic AI Foundation에 기부
4
2026.02
Platinum 멤버
AWS·Google·Microsoft·OpenAI 등 8개사
5
2026.07
최대 규모 개정
구 버전 12개월 deprecation 창

모델 계층에서 싸우는 회사들이 인프라 계층에서는 협력합니다 — Linux · Kubernetes가 걸어간 길과 같은 패턴.

출처: modelcontextprotocol.io · 규모 수치는 방향성만 (18개월 만에 세 자릿수 배수 성장)24
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PART 2 / MCP
연구 도구 연계 실물

내 레퍼런스 매니저가
에이전트의 손에 연결된다.

zotero-mcp
Zotero 라이브러리 전체 유사도 검색 · DOI/ISBN/BibTeX로 논문 추가 · 오픈액세스 PDF 자동 수집
mcp-research
arXiv·Semantic Scholar 다중 소스 검색 · BibTeX/RIS 내보내기 · 중복 제거 · Zotero 자동 추가
Scholar Sidekick
10,000+ 인용 스타일 변환 · 철회(retraction) 확인 · 인용 조작 탐지 · 오픈액세스 확인

한계도 정직하게 — 대부분의 학술 MCP 서버는 검색·메타데이터에 집중하고 인용 내보내기는 Zotero 계열이 그 간극을 메웁니다.

GitHub 1차 확인 · 보안: 표준이 인프라가 되며 CVE·프로덕션 사고 보고 시작 (기관 심사 필요)25
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▶ LIVE DEMO
이 강의에서 가장 강한 시연

에이전트가 인용을 검증한다.

LIVE 철회 논문 · 조작 인용 탐지 참고문헌 목록 → 에이전트 검증 파이프라인

AI가 초안을 쓰는 건 이제 놀랍지 않습니다. 놀라워야 할 건 — AI가 자기가 쓴 인용을 스스로 검증하게 만드는 것.

검증 병목(§support vs existence)이 눈앞에서 닫히는 지점⚠ 백업 클립 준비
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PART 2 / 에이전트 연구 자동화
프론티어 랩 3사의 상이한 베팅

"새 모델이 아니라 워크플로로
과학자를 설득한다."

Anthropic
모델이 아니라 워크플로 — Claude Science: 연구 도구 통합 · 감사 가능한 산출물 (Novo Nordisk · Allen Institute)
Google DeepMind
멀티 에이전트 — Co-Scientist: 특화 에이전트 연합의 가설 생성
OpenAI
범용 추론의 과학 적용 — OpenAI for Science · Prism 워크스페이스

성능이 아니라 재현성 · 감사 가능성 · 기존 도구 통합이 채택을 결정합니다 — 이 문장이 오늘 강의 전체의 요약이기도 합니다.

출처: TechCrunch (Claude Science) · Google DeepMind Blog27
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PART 2 / 에이전트 연구 자동화
과장 없이, 궤적으로

회의에서 Nature까지, 1년.
검증은 아직 실험실 단계.

2025.03 · 발표 직후
실명 연구자들의 회의
"세부가 부족하다" · "이미 알려진 약물, 새로울 게 없다" · "가설 생성은 가장 즐거운 부분인데" (Sinapayen)
2026.05 · Nature 게재
실험실 검증까지
cf-PICI 가설이 미발표 실험 결과와 일치 — 다만 임상은 아직. AlphaFold 없이 단백질 접힘을 예측하는 에이전트는 없다.

남는 질문 — 즐거운 노동을 자동화하는 방향이 맞는가. 실행은 넘기되, 무엇을 지킬지는 연구자의 선택입니다.

과학이 어려운 이유: 아이디어에 실험적 검증이 필요하기 때문28
CMDSPACE
PART 2 / 윤리 · 보안
규범이 곧 온다

공통 원칙 하나 — AI는 저자가 될 수 없다.

출판사입장
Science (AAAS)가장 엄격 — AI 생성 텍스트 사실상 전면 금지, 프롬프트·출력 요청 시 제공
Nature / SpringerAI 저자 금지 · 실질 사용은 Methods 기재 · 순수 copy editing 면제 · 심사자의 원고 업로드 금지
Elsevier별도 AI declaration statement · 편집자·심사자의 AI 사용 금지

현 정책은 '생성형 AI 도구' 일반 — 자율 에이전트 규정은 아직 공백. 이 공백이 지금 감사 로그 남기는 구조를 만들어야 하는 이유입니다. 국내도 AI연구윤리 가이드라인·국가연구데이터법 추진 중.

전 출판사 공통: 책임을 질 수 없으므로 저자 불가29
CMDSPACE
PART 2 / 윤리 · 보안
연구보안 실무 · 국가연구개발혁신법 제40조 + N2SF 3등급

등급을 나누는 게 답이다.

넣어도 되는 것판단 유보 — 기관 확인절대 금지
공개된 논문·특허·표준미공개 실험 데이터 (등급 확인)국가연구개발과제 미공개 정보
내가 쓴 초안 문장 (민감정보 제거)과제 제안서 일부 표현보안과제 자료 일체
공개 데이터셋공동연구 파트너 자료심사 중인 타인 원고·심사보고서
개념 질문·방법론 상담내부 회의록개인정보 포함 데이터

"AI 쓰지 마세요"도 "마음껏 쓰세요"도 답이 아닙니다. 등급을 나누는 게 답이고 — 등급을 나누려면 지식이 이미 구조화돼 있어야 합니다.

출처: 한국연구재단 권고 (제40조) · N2SF 기밀(C)/민감(S)/공개(O) 차등 통제30
CMDSPACE
PART 2 / 착지
영수증 이야기의 회수

제도가 바뀌기를 기다리는 동안,
지식이 증발하지 않게 하는 법.

제도는 "가능하다, 다만 명확히 관리되어야 한다"고 말하는데, 그 단서 조항이 현장에서는 "그냥 하지 말자"로 귀결되곤 합니다. PBS 전환기의 불확실성도 여러분이 직접 당사자입니다.

오늘 드리는 건 제도를 바꾸는 방법이 아니라, 그 사이 여러분 개인의 지식을 지키는 방법입니다.

CMDSPACE
CLOSING / 측정
AKM INDEX · 오늘 깐 사다리가 그대로 측정축

AI가 여러분을 분류하기 전에, 먼저 측정하세요.

P
Prompt 20 — 질문을 설계하는가 · v1
C
Context 25 — 맥락을 패키징하는가 · v2
H
Harness 20 — 환경(지식·도구·룰)을 설계하는가 · v3
L
Loop 20 — 루프가 실제로 돌고 산출물이 복리로 쌓이는가 · v4
X
Interop & Governance 15 — 이식·복구·보안·전수가 되는가

문서만 있으면 2점, 도구가 강제해야 3점, 시스템이 시스템을 고친 기록이 있어야 4점. 모든 점수는 아티팩트 증거 필수. L(Loop)만은 최근 30일 가동 흔적이 없으면 상한 2점 — akm.cmdspace.work 셀프 측정.

행동 앵커 기반 루브릭 · 실제 제출 데이터로 계속 개정 중 (심리측정 검증 진단 아님)32
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CLOSING / 실행
오늘부터 3단계

양이 아니라 연결이다.

STEP 1 · 오늘
.md 한 편
30분
마크다운 에디터 설치 → 논문 1편의 연구노트를 .md로.
STEP 3 · 다음 주
한 섹션 실전
반나절
진행 중인 논문·보고서 한 섹션을 볼트 기반으로 AI와 함께.

노트 50개면 그래프가 보이기 시작합니다. 단, 약 200개를 넘으면 스키마와 인덱스가 필요해집니다 — 그때가 LLM Wiki로 갈 시점.

KIRD 신진연구원 과정 · 구요한33
CMDSPACE·구요한
감사합니다

연구자의 하네스는
이미 여러분 손에 있습니다.

여러분이 읽고 쓰고 정리해온 모든 것 — 그게 재료입니다.
AI가 여러분을 분류하기 전에, 먼저 측정하세요.

오늘 자료 labs.cmdspace.work/kird-0902 덱 · 링크 모음 AKM akm.cmdspace.work 셀프 측정 Starter Kit github.com/johnfkoo951 cmds-vault · cmds-llm-wiki System Files system.cmdspace.work 더배러 뉴스레터 NAIS 해커톤 9/7 마감 ai4scikorea.org
cmdspace.work · 더배러(The Better)KIRD 신진연구원 과정 · 2026.09.02(수)