분당서울대학교병원 연구기획센터 세미나
2026.10.21(수) 온라인

AI와 함께하는
연구 워크플로우

데이터 정리부터 문헌 관리까지, 최신 도구 라이브 시연

구요한
커맨드스페이스 대표, 차의과학대 겸임교수, KIRD 객원교수강의 마스터 노트

오프닝

오늘이 끝나면
세 가지와 실물을 들고 나가십니다

  1. 01
    경계네 단계마다 AI에게 맡길 일과 내가 판단할 일
  2. 02
    규칙 한 장AI가 조용히 결정하지 못하게 하는 파일 하나
  3. 03
    확인 습관숫자는 로그에서, 인용은 DOI에서
강의 마스터 노트

오프닝

단계마다 경계가 다릅니다

단계AI에게 맡길 일연구자가 판단할 일
데이터 정리전수 점검, 정리 코드무엇을 고치고 뺄지
통계계산, 가정 확인변수 선택, 해석
작성구조, 초안, 교정주장과 책임
문헌검색, 요약, 대조무엇을 인용할지
모든 단계기록, 변환, 검색무엇을 정본으로 둘지
자산-02 v1v2v3 진화 · 대규모 연구 시작 가이드

오프닝

묻는 방식이
세 번 바뀌었습니다

v1프롬프트잘 묻는다. 창을 닫으면 사라진다
v2컨텍스트자료를 함께 준다. 매번 다시 준다
v3하네스규칙과 자료를 폴더에 둔다. AI가 들어와서 읽는다
자산-02 v1v2v3 진화 · 자산-04 하네스

오프닝

공개 심부전 코호트에
병원식 문제를 심었습니다

299심부전 환자, 2015년 파키스탄 파이살라바드
13임상 변수, 추적 중 사망 여부 포함
28심은 문제: 결측, 단위 혼입, 표기 불일치, 불가능한 값, 중복

병원 자료는 한 줄도 쓰지 않았습니다. 공개 데이터(CC BY 4.0)의 사본입니다.

UCI 심부전 데이터셋 · Ahmad 2017 PLOS ONE · Chicco 2020 BMC MIDM

오늘의 실물

시연은 공개 데이터,
실물은 제 연구입니다

307최종 보고서 쪽수(PDF). 원고는 마크다운 파일 하나
1,000합성 페르소나, 각 190문항에 답함. 세 차례 수집
4출력 형식: HWPX, PDF, HTML, DOCX. 원고 하나에서 생성

STEPI 「2045 과학기술 프론티어 전략」 기획연구(2026년 6~9월), 연구책임자 구요한

STEPI 탐색 웹 · STEPI 2045 아카이브 · STEPI v1.6 발송 패키지

데이터 정리
AI는 이제 잘 찾습니다. 남은 질문은 누가 결정하느냐입니다

자산-12 AI-ready 데이터

1부 데이터 정리

원본은 고치지 않고
사본을 만들게 합니다

원본은 고치지 않는다 · 시연 키트 규칙 파일

1부 데이터 정리

AI는 심은 문제를 다 찾았습니다

심은 문제건수규칙 없음 3회규칙 폴더
중복 입력33회 모두찾음
표기 불일치113회 모두찾음
단위 혼입53회 모두찾음
불가능한 값33회 모두찾음
결측63회 모두찾음
Claude Code + Opus 5.5, 같은 데이터와 같은 질문으로 세 번 실행사전 실행 기록 · UCI 심부전 데이터셋

1부 데이터 정리

찾은 다음, 묻지 않고 결정했습니다

규칙 없음 3회

  • 나트륨 1360을 136으로 고침
  • 사출률 결측 8명은 빼거나 채움
  • 실행마다 결정이 달라짐

규칙 폴더

  • 나트륨 1360은 결측으로 둠
  • 사출률 결측은 결정을 요청
  • 바꾼 값마다 근거를 기록

원본 값은 131, 세 번 같은 방향으로 틀림

사전 실행 기록 · 규칙 폴더 분석 로그

1부 데이터 정리

차이를 만든 것은 이 열 줄입니다

# CLAUDE.md  (폴더에 두면 AI가 먼저 읽는다)
- 원본은 절대 수정하지 않는다. 정리본은 clean/ 에 새 파일로
- 품질 점검 먼저. 임의로 지우지 말고 근거와 방침을 먼저 제시
- 결과 이후에 정해지는 변수(추적 기간 등)는 예측 변수로 쓰지 않는다
- p값만 쓰지 말고 효과 크기와 95% 신뢰구간
- 모든 분석은 notes/analysis-log.md 에 덧붙인다
- 데이터에 없는 값을 추정해 채우지 않는다
- 관찰 연구에서 인과 표현을 쓰지 않는다
시연 키트 규칙 파일

1부 데이터 정리

환자 데이터를 넣기 전에

시연 키트 규칙 파일

1부 데이터 정리

받은 파일은 그대로 두고
읽기용 사본을 만듭니다

01수령 원본HWPX, PDF, XLSX를 받은 그대로. 바이트 하나 안 바꾼다
02읽기용 추출본마크다운으로 변환. 원본 이름, 해시, 변환 도구를 적는다
03설명 한 줄파일 머리에 무엇인지, 언제, 누가. AI가 먼저 읽는 줄
04역할마다 정본 하나원본은 아카이브, 판단은 노트, 코드는 실행 폴더
자산-12 AI-ready 데이터 · 연구 3공간 원리

통계
숫자를 묻지 말고 계산 과정을 받습니다

시연 키트 규칙 파일

2부 통계

숫자 대신
계산 과정을 받습니다

시연 키트 규칙 파일

2부 통계

같은 질문을 세 번, 숫자는 세 가지

모델, 데이터, 질문이 같아도 분석 결정이 달라 결과가 달라졌습니다.

규칙 없음분석 대상결측 처리나이 오즈비교차검증 AUC
1회291명제외1.600.76
2회299명중앙값 대체1.730.755
3회291명제외1.710.75
나이 오즈비는 10세당. 1회와 3회는 크레아티닌을 넣은 방식이 달랐습니다.사전 실행 기록

2부 통계

성능이 오르면
먼저 의심합니다

0.755추적 기간을 뺀 모델의 교차검증 AUC (규칙 없음 2회)
0.873추적 기간을 넣은 모델의 교차검증 AUC (같은 실행)

사망하면 추적이 거기서 끝납니다. 추적 기간에는 결과가 이미 들어 있습니다.

사전 실행 기록 · Chicco 2020 BMC MIDM

2부 통계

규칙 폴더는
생존분석을 골랐습니다

  • 추적이 4~285일로 제각각이라 로지스틱 대신 Cox
  • 사출률 연관은 주로 29% 이하 구간
  • 230일 이후 곡선은 위험군 1~2명이라 불안정하다고 스스로 표시
사출률 29% 이하 군의 생존 곡선이 빠르게 떨어지는 Kaplan-Meier 그림
규칙 폴더가 그린 사출률 3군 생존곡선 (2026-10-06 사전 실행, n=291)
규칙 폴더 분석 로그 · Ahmad 2017 PLOS ONE

2부 통계

결과는 이 순서로 받습니다

01가정 확인비례위험, 선형성을 먼저
02효과 크기위험비와 95% 신뢰구간
03민감도결정을 바꿔도 남는가
04못 하는 말인과, 일반화, 빠진 변수
규칙 폴더 분석 로그 · STROBE

2부 통계

모든 숫자에 족보가 있습니다

만든다계산한다싣는다바뀌면 아래만 재검증자료·실행 기록분석 집합·분모지표·주장보고서 표·그림
producecomputepublishre-verify belowData & run logsAnalysis setMetrics & claimsReport tables, figures
STEPI 보고서의 모든 표는 이 사슬로 원자료까지 닿는다. 점선은 재검증 경로
대규모 연구 시작 가이드 · research-harness 스킬 · STEPI 탐색 웹

작성
빈 화면에서 시작하지 않습니다

STROBE

3부 작성

IMRaD는 형식이 아니라
순서대로 묻는 질문입니다

I왜모르는 것이 무엇인가
M어떻게그것을 어떻게 알아냈나
R무엇을로그에 남은 숫자는 무엇인가
D그래서무엇을 말할 수 있고 무엇은 못 하나
STROBE

3부 작성

초록의 숫자마다
로그 번호가 붙습니다

숫자마다 [L3.3] 같은 분석 로그 항목 번호가 붙은 영문 구조화 초록
규칙 폴더가 쓴 구조화 초록 초안, 결과 파일 본문 (2026-10-06 사전 실행, 248단어)
규칙 폴더 초록 초안 · 시연 키트 규칙 파일

맞혀 보세요

307쪽 보고서를 네 형식으로
내는 데 걸린 시간은?

  1. A일주일
  2. B하루
  3. C30분
  4. D초 단위

생각해 보세요

정답D초 단위변환은 초 단위입니다. 연구와 집필은 넉 달 걸렸습니다
STEPI v1.6 발송 패키지 · 연구 3공간 원리 · STEPI v1.7 날짜 대조표

3부 작성

307쪽 보고서,
원고는 파일 하나입니다

01원고 정본마크다운 한 파일. 작성자는 한 사람, 검토는 여럿
02빌드 스냅샷실행 폴더에 원고를 고정하고 해시를 남긴다
03네 형식 생성HWPX, PDF, HTML, DOCX를 스크립트가 만든다
04동일성 검사표 1,261행, 그림 49개가 네 형식에서 같은지 확인
변환은 초 단위, 연구와 집필은 넉 달. 아낀 것은 양식 맞추는 시간입니다STEPI v1.6 발송 패키지 · 연구 3공간 원리 · STEPI v1.7 날짜 대조표

3부 작성

Humans are responsible for any submitted material
that included the use of AI-assisted technologies.

ICMJE, AI Use by Authors

AI는 저자가 될 수 없고, 쓴 내용의 책임은 사람에게 있습니다.

ICMJE AI 사용 규정

3부 작성

투고할 때 무엇을 밝히나

항목ICMJE 권고
저자 자격AI 도구는 저자 불가
고지 위치커버레터와 원고 본문
확인 책임오류, 누락, 편향 검토
인용AI 생성물을 1차 출처로 인용 불가
미고지경우에 따라 연구부정
투고할 학술지의 자체 규정을 함께 확인하십시오.ICMJE AI 사용 규정

3부 작성

제출 전에 세 모델이 따로 읽습니다

축실제로 잡힌 것고친 방향
오타'기준이며임' 어미 중복'기준임'
인원 정의982명 교집합을 전체로조건을 문장에 복원
통계 개념ICC를 0~1로만 정의음수 추정치 가능 명시
용어ROC-AUC를 정확도로판별력(AUC)으로
산술26 대 24를 '반반'52% 대 48%로
18조각 × 3모델, 원발견 462건. 확정은 사람이 원문을 다시 읽어서STEPI 3모델 검증 기록 · research-verify 스킬

3부 작성

잘 쓴 요약보다
어디까지 믿을지 보이는 요약

번호와 등급
문장마다 [n], 주장마다 근거 등급 A부터 I까지
선
도식의 실선은 원문, 점선은 내 해석
고정 칸
근거의 범위, 맞지 않는 경우, 남은 질문
CMDSPACE Brief 허브 · Brief 10모델 테스트

문헌 정리
인용은 내가 확인한 문헌 안에서만 나오게 합니다

Walters 2023 Sci Rep

4부 문헌 정리

지어낸 인용은
줄었지만 0이 아닙니다

55%GPT-3.5가 만든 인용 중 존재하지 않는 문헌
18%GPT-4가 만든 인용 중 존재하지 않는 문헌
24%GPT-4의 실재 인용 중 서지 오류 포함

2023년 모델, 42개 주제 문헌 리뷰의 인용 636건을 대조한 연구입니다.

Walters 2023 Sci Rep

4부 문헌 정리

인용이 나오는 길을 세 칸으로

01확보PubMed와 Zotero로 원문을 내 손에 넣는다
02인덱싱DOI를 확인한 목록 한 장(refs.md)을 만든다
03합성AI는 그 목록 안에서만 인용한다
인용은 확인한 문헌 안에서

4부 문헌 정리

DOI 하나로 실재를 확인합니다

curl -s api.crossref.org/works/10.1186/s12911-020-1023-5
200  Machine learning can predict survival of patients with heart ...
     BMC Medical Informatics and Decision Making, 2020
curl -s api.crossref.org/works/10.1186/s12911-021-0477-2
404  Resource not found
2026-10-06 실제 실행 결과. 두 번째 DOI는 일부러 만든 가짜입니다.Crossref REST API · Chicco 2020 BMC MIDM

4부 문헌 정리

목록 밖 문헌은
후보로만 냈습니다

확인된 문헌 2편은 인용하고 나머지는 DOI 미확인 후보로 분리한 응답
규칙 폴더의 문헌 단계 응답 일부, 결과 파일 본문 (2026-10-06 사전 실행)
규칙 폴더 문헌 단계 · Chicco 2020 BMC MIDM · Ahmad 2017 PLOS ONE

4부 문헌 정리

Zotero는 기준점,
판단은 내 노트에 남깁니다

01읽고 표시PDF와 주석은 Zotero에. 서지의 기준점은 여기 하나
02노트로 보내기최근 읽은 논문을 고르면 주석이 읽은 순서로 노트가 된다
03판단을 쓴다지지, 반박, 불확실. 어느 쪽 몇 페이지에서 왔는지
04인용은 키로[@인용키]로 쓰면 참고문헌은 자동. 없는 키는 경고
제가 만든 CMDS Zotero 플러그인. 갱신은 계획, 검토, 적용 순서. 자동 덮어쓰기 없음근거와 승인 계약 · CMDS Zotero (GitHub) · CMDS Zotero 0.5 명세 · 위키 ↔ Zotero 가이드

4부 문헌 정리

일곱 번 따로 묻고
원문으로 판정합니다

7독립 세션: ChatGPT 2, Gemini 3, Grok, Claude. 서로 답을 보지 않음
5완료 5, 실패 2(사용량 한도, 오류). 실패도 그대로 기록
756루만 아카이브 초판 목록(1958~2021)과 대조한 편수

'책 70권, 논문 400편'은 위키백과의 출처 없는 문장에서 퍼진 수치였습니다.

루만 서지 멀티모델 조사 · Niklas-Luhmann-Archiv

가로지르는 것
네 단계 아래에서 늘 돌아가는 세 가지: 하네스, 맥락, 판단

research-harness 스킬

5부 가로지르는 것

연구 하네스는
네 장의 기록입니다

01프로젝트 계약목적, 정본 위치, 산출물 목록, 승인 근거
02근거 원장자료에서 산출물까지, 숫자의 족보
03결정 기록누가 언제 무엇을 어떤 조건으로 정했나
04인계 점검체크포인트, 미해결, 다음 행동 하나
에이전트는 이 네 장을 읽고 시작하고, 쓰고 끝냅니다research-harness 스킬 · 대규모 연구 시작 가이드

5부 가로지르는 것

맥락이 남아야
AI가 내 연구를 이어받습니다

01세션 링크노트마다 그 노트를 만든 대화로 돌아가는 링크
02인계 노트끝낼 때 체크포인트와 다음 행동을 적는다
03패킷 용량한 번에 주는 자료가 40KB를 넘으면 요약으로
04전 세션 검색'전에 이 얘기 했나'를 지난 대화 전체에서
138KB를 한 번에 주면 오류, 88KB는 세션이 두 번 무너졌습니다. 실측입니다세션 링크 시스템 · 인계·납품 점검 템플릿

5부 가로지르는 것

고르기와 쓰기를 나눴습니다

같은 답엇갈림2/3 일치불일치후보 8개Jev 두 번 판정고른 카드로 작성세 번째 순서사람에게 전달전부 기록
same answerdisagree2 of 3 agreeno majority8 candidatesJev asks twicewrite from the cardthird orderhand to a personlog everything
ask.cmdspace.work. 실방문 58건(10/1~7): 안내 26, 보류 29, 사람 3
자산-14 고르는 모델과 쓰는 모델 · ask.cmdspace.work · Jev (TypeSafe) · Jev 활용법 총정리

정리

규칙 한 장이
조용한 결정을 드러냅니다

  1. 01
    경계고치고 빼는 결정은 연구자가 한다
  2. 02
    규칙 한 장폴더의 CLAUDE.md가 같은 절차를 지키게 한다
  3. 03
    확인 습관숫자는 로그에서, 인용은 DOI에서
시연 키트 규칙 파일 · research-harness 스킬

정리

내일 30분이면 시작합니다

시연 키트 규칙 파일

질문을 주시면
그 자리에서 풀어 보겠습니다
채팅창에 연구 단계와 막힌 지점을 적어 주십시오

ask.cmdspace.work

부록
더 깊이 들어가실 분을 위한 자료

자산-04 하네스

부록

단계별로 쓰는 도구

웹 채팅ChatGPT, Claude, Gemini. 빠른 질문, 파일 한두 개
폴더형 에이전트Claude Code, Codex. 규칙 파일과 로그가 쌓이는 작업
PubMed검색. 키 없이 E-utilities API로 자동화 가능
Zotero원문과 서지 보관. 내보낸 목록이 refs.md의 출발점
CrossrefDOI 실재 확인. 키 없이 조회
Obsidian연구 노트와 규칙 파일을 한 폴더에 두는 편집기
PubMed E-utilities · Zotero · Crossref REST API

부록

웹 채팅과 폴더형 에이전트

웹 채팅이 맞을 때

  • 한 번 묻고 끝나는 질문
  • 파일 한두 개 요약
  • 문장 다듬기, 번역
  • 기록이 필요 없는 탐색

폴더가 맞을 때

  • 같은 데이터를 여러 번 분석
  • 숫자가 논문에 들어갈 때
  • 공저자와 절차를 맞출 때
  • 몇 달 이어지는 연구
자산-02 v1v2v3 진화

부록

로그 한 항목의 형식

칸규칙 폴더가 쓴 예
질문어떤 품질 문제가 있고 어떻게 처리하나
처리01_clean.py, 변경 1건당 1행
결과나트륨 1360 → 결측
판단 근거원인을 확정할 근거 없음
사후 확인원본은 131, 교정했으면 틀림
규칙 폴더 분석 로그

부록

규칙 폴더가 그린 위험비 그림

11개 변수의 보정 위험비 forest plot
다변량 Cox 모형 보정 위험비와 95% 신뢰구간 (2026-10-06 사전 실행, n=290, 사망 93)
규칙 폴더 분석 로그

부록

읽은 논문이 다음 연구의 재료로

읽고 쓴다연결한다로그가 다음 질문원문(Zotero)문헌 노트연구 폴더
read and writeconnectlog makes next questionSource (Zotero)Literature noteResearch folder
원문은 Zotero, 판단은 노트, 절차는 연구 폴더. 점선은 다음 질문으로 돌아가는 길
자산-10 Second Brain · 자산-12 AI-ready 데이터

부록

오늘 키트의 폴더 구조

data원본읽기 전용과 코드북
clean정리본새 파일과 변경 기록
notes로그분석 로그와 초안
refs.md확인 목록DOI를 확인한 문헌만
시연 키트 규칙 파일

부록

내 AI 활용 수준을
재 보고 싶다면

AKM Index: 지식과 맥락을 AI에게 공급하는 수준을 다섯 축으로 진단합니다. akm.cmdspace.work

자산-11 AKM Index · AKM Index

부록

판단 모델 실측 (2026년 9~10월)

과제결과규칙
채점 재현확신 0.7 이상 97% 일치확신 게이트를 과제마다
87개 분류이름만 51%, 정의 76%정의 없이 이름만 주지 않기
보기 순서 뒤집기27%가 답을 바꿈정순, 역순 두 번 묻기
검색 재선택풀 1위 대비 +16.7%p보류 신호가 가치
질문 창구58건: 안내 26, 보류 29못 고르면 사람에게
사람 골드 0건. 기존 라벨 대비 재현 수치이며 정확도 주장이 아닙니다Jev 활용법 총정리 · Jev 공개 분류기 · Jev (TypeSafe)

부록

멀티모델 조사의 일곱 역할

서비스모드역할
ChatGPT최대 추론판본·기준 일관성
ChatGPTDeep research1차 서지 추적
GeminiDeep Think틀릴 지점 점검
GeminiDeep research출처 폭넓게
GeminiFlash 고속커뮤니티·SNS 출처
GrokHeavy전체 조사와 반박
Claude최대 추론독립 종합
모델명은 실행 당시 화면 표기. 합의는 증거가 아니라 확인할 신호루만 서지 멀티모델 조사

부록

생각, 교환, 실행의 세 공간

공간정본두는 것
옵시디언 볼트판단·서술질문, 설계, 결정, 원고
외부 아카이브수발신 증거기관 원본, 제공한 판
실행 폴더(DEV)개발·재현코드, 원출력, 빌드
다운로드편의 사본발송 직전 PDF. 정본 아님
확장자가 아니라 편집 권한, 증거 역할, 수명으로 나눕니다연구 3공간 원리 · 대규모 연구 시작 가이드

부록

새 연구를 10분 안에 틀 잡기

01판단 질문 한 문장무엇을 알면 누구의 어떤 결정이 바뀌나
02산출물 세기계약·사양서에서 형식, 수량, 검수자, 기한
03세 공간 확정볼트, 아카이브, 실행 폴더를 실제로 확인
04있는 증거 먼저원자료, 코드, 동결본, 마지막 인계 기록
05다음 행동 하나담당, 입력, 산출물, 완료 근거, 멈출 조건
10분은 준비를 시작하는 방법이지 설계를 승인하는 기준이 아닙니다대규모 연구 시작 가이드 · research-harness 스킬

정리

고맙습니다

ask.cmdspace.work세미나 뒤에도 질문을 받습니다
ask.cmdspace.work
cmdspace.work커맨드스페이스
cmdspace.work
bio구요한 약력과 활동
bio.cmdspace.work

슬라이드와 시연 키트는 연구기획센터를 통해 배포됩니다.

Last updated 2026-10-21 01:59 KST · R3

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